Não há registros documentais que informem a data da fundação de Paraty. Alguns escritores citam o ano de 1531, porém foi só em 1596 que o nome Paraty aparece pela primeira vez em textos escritos.

Passagem obrigatória para os que saíam do Rio de Janeiro em barcos e de Paraty subiam a serra até atingir São Paulo, era também o porto de entrada das mercadorias vindas da Europa.

Em 1958 a cidade foi tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional e em 1966 ela foi convertida em Monumento Nacional.